Ochrana souborů systému Windows (WFP) zabraňuje programům v nahrazení důležitých systémových souborů systému Windows. Programy nesmějí tyto soubory přepsat, protože je používá operační systém a další programy. Díky ochraně těchto souborů se předchází potížím s programy a operačním systémem. WFP Tools můžete extrahovat původní čistý soubor z vašeho CD a nahradit infikovaný soubor. WFP Tools je prvním a jediným programem tohoto typu, který umožňuje průměrnému uživatel vyměnit nebo odstranit soubory infikované virem, poškozené a zamčené soubory s původními aniž by bylo nutné přeformátování počítače. WFP Tools může Nahradit infikované, poškozené nebo zamčené soubory, Odstranit infikované, poškozené nebo zamčené soubory, Odstranit celé adresáře včetně jejich obsahu, Extraktovat náhradní soubory z instalačního CD, Zakázat, Povolit Ochranu souborů systému Windows, Změnu registrovaného vlastníka, nainstalovat cestu, získat ztracený CD klíč. WFP Tools také poskytuje snadný přístup jedním kliknutím do Windows jako je Správa počítače, Prohlížeč událostí, Místní zásady zabezpečení, Výkon, Služby, Správce zařízení, Direct X, Správa disků, Defragmentace disku, Příkazový řádek, Nástroj pro konfiguraci, Vyčištění disku, Editor registrů, Editor systémové konfigurace, Obnovení systému. Bonusem registrované verze je samostatná kopie - přenosné WFP Tools, který lze zkopírovat na všechny vyměnitelné jednotky, disk nebo USB disk bez dalších pomocných souborů nebo instalace na klientském počítači.